Pengolahan air di Ekamas Fortuna menggunakan sistem aerobik dan anaerobik secara bersamaan sebagai pembersih utama. Penggunaan kedua teknologi tersebut secara bersamaan menghasilkan pengolahan yang lebih efisien dibandingkan jika sistem aerobik digunakan sendiri, serta penghilangan kontaminan yang lebih lengkap dibandingkan jika pengolahan anaerobik digunakan sendiri.

Fasilitas pengolahan air limbah Ekamas Fortuna memiliki kapasitas hingga 9600 m3/hari, dengan metode pengolahan fisik dan kimia. Setelah air terbukti aman, barulah dikembalikan ke lingkungan.